# 1- read gene expression data
data <- t(read.table("C:/Users/nz1413/Desktop/dataTAC/sputum_508genes.txt", header = TRUE))
# 2- scale gene expression data(zere mean, one variance)
dataScaled = scale(data)
# 3- read clinical data
TAClabels <- t(read.table("C:/Users/nz1413/Desktop/dataTAC/correspondanceTAC.txt", header = FALSE))
# 3-order the patients' gene expression data in the same way as the clincal data
inds = match(TAClabels[2,], rownames(data))
tacLabels <- as.numeric(TAClabels[1,])
dataScaled = dataScaled[inds,]
# 4- apply clustering
library(mclust)
## Package 'mclust' version 5.4
## Type 'citation("mclust")' for citing this R package in publications.
mbc<-Mclust(dataScaled)
# 5- read the clustgering labels (TAC1 , TAC2, TAC3a, TAC3b)
temp = factor(mbc$classification)
levels(temp)=c("TAC1", "TAC3a", "TAC2", "TAC3b")
mbc$classification = temp
Label = factor(mbc$classification)
temp = order(Label)
dataScaled = dataScaled[temp,]
Label = Label[temp]
DesicionfeaturesFor4Classes = read.csv('C:/Users/nz1413/Desktop/AnalysisTag/Final/data/DesicionfeaturesFor4Classes.txt', sep = ' ')
Allimportance= rowSums(DesicionfeaturesFor4Classes[,1:4])
rank =order(Allimportance, decreasing = TRUE)
library(RColorBrewer)
for (i in seq(10,508,10))
{
col <- colorRampPalette(brewer.pal(10,"RdYlBu"))(256)
print(heatmap(dataScaled[, rank[1:i]], scale = "none", col = col,
labRow = '', labCol = '',
xlab = 'genes', ylab = 'patients',
RowSideColors = rep(c("blue","yellow","red", "grey"), ftable(Label)) ))
}
## $rowInd
## [1] 14 58 62 23 6 22 19 21 2 17 11 15 7 5 16 3 13
## [18] 65 4 10 1 60 12 9 68 8 66 18 29 24 47 25 20 70
## [35] 67 54 74 72 27 69 61 34 57 41 31 48 56 52 63 55 64
## [52] 53 87 30 77 49 37 42 71 39 59 40 26 28 96 50 95 104
## [69] 90 102 93 85 76 88 73 38 78 82 80 36 91 92 98 84 103
## [86] 94 101 99 100 81 83 97 86 79 75 51 33 46 44 32 35 45
## [103] 89 43
##
## $colInd
## [1] 9 1 8 10 2 6 7 4 5 3
##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 6 19 21 22 10 2 1 12 17 7 15 20 25 5 11 16 3
## [18] 9 18 13 8 14 62 58 68 61 23 4 65 66 64 55 69 52
## [35] 56 60 41 57 34 31 48 67 54 70 63 75 73 71 72 74 96
## [52] 50 102 95 93 28 77 24 87 27 37 29 47 43 89 30 32 33
## [69] 44 46 35 45 39 51 49 26 53 100 81 40 59 82 76 88 38
## [86] 42 80 78 36 85 94 91 99 86 83 97 104 90 101 79 98 92
## [103] 84 103
##
## $colInd
## [1] 9 15 1 8 16 11 10 2 13 18 17 20 14 12 6 19 3 7 4 5
##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 19 23 22 5 7 11 17 8 1 12 24 20 6 10 21 16 3
## [18] 9 18 13 4 15 14 62 64 55 58 68 65 57 66 50 34 75
## [35] 35 45 33 2 32 25 30 37 44 46 29 27 47 43 49 80 41
## [52] 38 42 26 95 93 102 96 28 85 82 76 36 78 91 77 87 79
## [69] 90 88 89 94 104 100 81 92 98 84 103 101 99 86 83 97 51
## [86] 39 53 40 59 67 54 70 60 69 56 52 31 48 63 61 73 71
## [103] 72 74
##
## $colInd
## [1] 28 22 26 30 23 18 17 20 2 13 9 29 15 27 1 24 8 16 11 10 19 25 3
## [24] 4 5 14 21 7 6 12
##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 16 3 9 18 11 8 5 1 20 12 7 4 13 6 21 10 2
## [18] 23 17 15 22 19 14 62 33 28 49 26 24 25 46 44 85 102
## [35] 93 96 95 82 88 90 76 92 27 77 100 42 40 43 89 87 79
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## [69] 64 61 51 39 53 52 56 69 80 78 50 38 31 48 41 36 32
## [86] 30 29 37 47 60 70 57 54 34 35 45 75 67 59 71 73 63
## [103] 74 72
##
## $colInd
## [1] 39 2 40 37 13 36 9 29 31 24 15 27 1 8 16 11 10 28 22 26 30 23 18
## [24] 17 20 34 32 33 35 38 12 14 21 7 6 19 25 3 4 5
##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 28 50 33 49 27 80 26 96 93 102 95 76 82 88 92 104 89
## [18] 100 40 46 44 90 85 94 98 84 91 81 101 103 99 86 83 97
## [35] 87 42 77 79 1 20 24 7 12 4 17 15 6 21 10 2 23
## [52] 19 5 8 13 9 11 16 3 18 22 14 64 62 55 51 58 68
## [69] 70 65 66 61 63 72 74 71 73 39 53 52 56 69 67 78 59
## [86] 30 37 29 32 25 60 57 54 34 75 35 45 41 36 38 31 48
## [103] 47 43
##
## $colInd
## [1] 39 43 2 40 37 46 13 36 9 29 31 24 15 27 1 8 16 11 10 28 22 26 30
## [24] 23 18 17 20 41 34 32 33 38 35 6 42 44 45 12 14 21 7 19 49 4 5 47
## [47] 50 48 25 3
##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 103 98 101 94 81 84 91 99 97 86 83 96 93 102 82 88 104
## [18] 90 87 79 85 28 33 49 26 39 95 76 92 100 40 77 89 27
## [35] 80 34 35 45 41 36 42 50 38 31 48 30 37 29 44 46 47
## [52] 43 19 23 22 12 7 24 17 1 20 15 4 5 11 8 13 6
## [69] 10 2 21 9 18 16 3 62 55 14 64 58 68 70 65 66 32
## [86] 25 60 57 54 53 52 56 69 67 78 59 51 75 61 63 72 74
## [103] 71 73
##
## $colInd
## [1] 39 43 2 40 37 46 13 36 9 29 31 24 15 27 1 8 16 11 10 28 22 26 30
## [24] 23 18 17 20 41 34 32 33 38 35 6 42 44 45 12 14 55 21 7 4 19 58 47
## [47] 50 48 57 60 25 54 3 53 56 5 59 51 52 49
##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 93 96 102 94 82 90 84 99 91 98 86 83 103 101 100 104 97
## [18] 88 89 87 77 79 81 78 59 28 85 27 95 76 92 50 38 31
## [35] 80 49 35 26 39 33 42 30 47 29 36 45 48 41 43 46 37
## [52] 40 44 14 62 53 69 51 55 52 56 67 63 64 75 34 72 73
## [69] 71 74 68 70 58 61 65 60 66 57 54 22 12 19 23 6 17
## [86] 15 7 4 24 32 10 2 25 8 1 20 13 5 11 21 16 3
## [103] 9 18
##
## $colInd
## [1] 39 43 2 40 37 46 13 36 9 29 31 24 15 27 67 65 1 8 16 11 10 28 22
## [24] 26 30 23 18 17 20 41 34 64 14 55 21 7 38 35 6 42 44 45 12 32 33 61
## [47] 70 68 49 19 58 47 50 48 62 25 54 3 53 4 57 66 59 51 52 69 60 56 5
## [70] 63
##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 93 96 102 94 84 98 82 88 90 81 78 80 103 101 86 99 83
## [18] 91 95 76 92 89 100 104 97 87 77 79 28 85 27 26 62 14
## [35] 53 69 49 67 55 51 75 61 63 59 73 71 74 23 68 58 70
## [52] 35 52 56 34 50 31 38 48 36 41 45 64 30 65 60 66 57
## [69] 54 72 39 33 42 40 44 46 24 25 32 43 37 29 47 19 15
## [86] 4 17 7 12 1 6 10 2 22 5 8 11 20 13 9 21 18
## [103] 16 3
##
## $colInd
## [1] 9 76 75 15 27 80 29 31 24 67 65 1 8 74 16 11 10 79 46 40 37 39 43
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##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 28 94 100 93 96 95 102 82 88 90 81 78 76 36 77 92 79
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## [35] 56 34 39 27 80 33 42 46 37 40 44 30 50 31 38 48 41
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## [103] 16 3
##
## $colInd
## [1] 9 76 75 88 27 65 29 31 24 28 22 26 30 23 80 18 17 20 41 34 64 39 2
## [24] 67 15 83 1 8 74 16 11 10 79 46 86 43 90 40 37 82 13 36 77 61 89 68
## [47] 70 87 81 62 58 19 73 49 63 59 51 52 56 72 47 50 48 54 3 5 4 57 66
## [70] 32 33 38 35 6 42 44 45 12 71 55 21 69 60 14 84 7 25 78 85 53
##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 49 35 52 56 34 33 27 93 96 102 95 76 82 88 90 80 77
## [18] 79 92 47 67 78 59 28 94 100 85 87 103 84 101 81 98 99
## [35] 86 91 83 89 104 97 26 14 62 53 69 55 70 63 51 23 68
## [52] 58 65 64 60 66 57 54 61 75 72 73 71 74 39 42 50 31
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## [103] 20 13
##
## $colInd
## [1] 9 76 92 97 18 17 65 29 31 24 80 39 2 75 88 27 96
## [18] 67 15 98 93 83 1 8 74 16 11 10 79 46 86 43 90 40
## [35] 37 82 13 36 91 28 22 26 30 20 23 41 34 64 32 33 38
## [52] 35 6 42 44 45 12 71 55 21 69 60 14 84 7 25 77 61
## [69] 89 70 4 56 63 59 51 52 94 57 66 87 81 62 58 19 73
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##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 93 96 95 102 76 82 87 94 100 90 103 101 84 98 91 86 99
## [18] 83 28 85 27 80 81 78 59 79 77 92 47 88 89 104 97 26
## [35] 52 56 34 49 67 53 69 51 7 24 17 4 15 6 10 2 12
## [52] 1 20 13 22 5 8 11 21 9 16 3 18 23 35 19 14 62
## [69] 55 64 58 68 70 75 61 63 72 73 71 74 39 33 42 36 41
## [86] 45 50 31 38 48 30 29 46 37 40 44 65 60 66 57 54 32
## [103] 43 25
##
## $colInd
## [1] 9 76 92 97 18 17 80 8 24 29 65 31 67 15 98 93 75
## [18] 88 27 96 79 105 86 102 43 90 40 37 82 13 36 39 2 46
## [35] 83 107 74 1 103 16 11 10 91 28 22 26 30 20 23 41 34
## [52] 64 89 38 109 32 33 35 71 55 21 104 69 60 14 84 7 6
## [69] 42 44 45 12 77 61 106 78 70 108 4 56 63 59 51 52 94
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## [103] 85 99 101 95 25 54 3 53
##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 85 27 28 94 100 93 96 95 76 82 90 88 104 102 80 78 81
## [18] 59 36 103 101 97 84 98 91 86 99 83 87 89 77 79 92 47
## [35] 26 53 69 51 55 67 70 63 49 35 33 42 43 41 45 50 38
## [52] 31 48 30 29 46 40 44 37 39 52 56 34 60 66 57 54 68
## [69] 58 65 61 75 72 73 71 74 62 64 14 19 23 4 6 10 2
## [86] 12 1 20 13 7 15 17 24 32 25 22 5 8 11 9 21 18
## [103] 16 3
##
## $colInd
## [1] 92 119 96 107 74 1 8 76 111 67 15 98 93 75 88 27 9
## [18] 103 102 40 37 113 112 24 16 11 10 79 105 86 43 90 82 13
## [35] 36 2 46 83 39 120 28 22 26 30 20 23 97 18 17 80 29
## [52] 65 31 91 117 41 34 64 118 32 33 89 38 109 35 71 55 21
## [69] 104 69 60 14 84 7 114 6 42 44 45 12 77 61 106 78 70
## [86] 108 4 56 63 59 51 52 94 57 66 87 81 62 58 19 73 49
## [103] 68 5 100 116 115 53 72 47 50 48 110 85 99 101 95 25 54
## [120] 3
##
## $Rowv
## NULL
##
## $Colv
## NULL
## $rowInd
## [1] 93 96 95 102 103 84 101 81 87 94 86 98 91 28 85 88 89
## [18] 92 77 79 100 104 99 83 97 49 27 80 33 76 82 90 30 50
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